该瓶盖杀菌系统是与无菌中温灌装机组相配套。瓶盖杀菌用浸泡式旋转杀菌工艺。浸泡槽内为圆形，槽内盛有过氧乙酸杀菌液，槽底装有平面螺旋形导轨，口子朝上的瓶盖在螺旋形导轨中成单列在杀菌液的喷冲下向前滑动，从浸泡槽的中心移至槽的边缘，最后推出浸泡槽；盖子再在螺旋导轨中翻转90°，再用无菌水冲洗干净，最后经无菌压缩空气吹去大部分水滴后滑入拧盖机的进盖导轨中。

在瓶盖杀菌机中，瓶盖是单列行走的，所有的盖杀菌时间一致，不存在遗漏现象，可靠性高。杀菌的时间由平面螺旋线长度和拧盖机的产量决定。

浸泡槽内的杀菌液由杀菌液配制系统提供,且处于连续循环状态,以保证杀菌液浓度、温度稳定。槽内装有液位开关,当液位不够时自动停机。

杀菌槽出口处设有挡盖气缸，当缺盖停机时，人工挡盖，防止未经彻底杀菌的瓶盖进入组合机内部，从而污染内部无菌环境，当刚进入杀菌槽的盖彻底杀菌后人工打开气缸放盖。